自己組織化からもたらされるものもあると考えられている。ここで言う自己組織化というのは、ゲノム中には直接コードされていないようなものである一方、様々の生体システムに広く存在するだろうと常に期待されるようなものである。
スチュアート・カウフマンはこの観点に基づいて、自然選択はシステムの特別なクラスのみを選択し、その中には「order for free（自由への秩序）」を得るシステムが偶然に含まれていると説明した。ここで言う「order for free」とは、生物の進化の過程に普遍的に存在するとされた仮定の法則である。この説を補強し得るいくつかのメカニズム（遺伝子制御ネットワーク、自己触媒集合、RNAの配列-構造解析）が、進化に適用可能な実際的な理論の一部として慎重に組み入れられてきた。しかし、カウフマンの描くシステムの全体像にはいまだ議論の余地が残されている[要出典]ともいう。
集団内で起きる形質の固定と消失は、集団内である特徴が多く見られるようになる一方で、別のある特徴が見られなくなっていくという状況を意味する。形質の固定と消失に対しては、2つのプロセスが寄与していると一般的に考えられている。
その過程とは、以下の2つである[要出典]とされる。
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自然選択
遺伝的浮動
現在の進化論では、生物の進化は主として自然選択の結果であるとしている。以下に非常に簡単にではあるが、要約を示す。
自然選択説は、以下の3つの原理に基づいている。
生物の種内には変異があり、それらは遺伝する。
親は、生き残れる数よりたくさんの子を産む。
生き残った子供は、好適な形質を伝えたものである。
自然選択はまた、生物が長い時間を越えて生き残っていくのに役立つ仕組みを提供している。環境は常に変化し続けているので、後続の世代が適応を続けることで、生存と繁殖することが可能になる。さもなければ、その生物が適応していた生態学的地位が消滅するのにあわせて、その種も絶滅することになるだろう。それゆえに生物は種として進化することで、長い時間のなかを生き延びることができるのである。進化論において自然選択が中心的役割を果たすことになったのは、野外での生態学の研究によってもたらされたものである。
遺伝的浮動とは、集団内における選択圧とは無関係な遺伝子の頻度の変化のことである。親の世代の遺伝子の分布を維持するのに十分な数の子孫を作れないような、そういった小規模な交配集団においては、この現象は特に重要である。このような世代間での遺伝子頻度の変動は、ときには集団内からのそれら遺伝子の消失を招く。 このため、集団が2つに分離されたとき、最初のこれら集団の遺伝子頻度は同じであるが、やがて遺伝子頻度のランダムな変動、すなわち「浮動」によりこれらの集団は異なる遺伝子のセットを持った集団へと変化していく（つまり、片方の集団からある遺伝子は消失してしまったが、もう片方の集団には残っているような状態）。火山の噴火や隕石の衝突といった、ごくまれにしか起きないような現象は、平時の選択圧とは違った方法で遺伝子頻度を変化させることで、遺伝的浮動に影響を与えてきたかもしれない。